La seva ubicació es troba a l'edifici del bastió de sa Font, el qual disposa de la màxima categoria de protecció del patrimoni històric en ser declarat BIC.

Museu de temàtica general que compta amb una exposició permanent sobre història de Ciutadella i de l'illa (a través dels materials arqueològics), des de l'època prehistòrica fins a l'època musulmana i una petita exposició temporal dedicada a les troballes fetes durant l'excavació subaquàtica de Cala en Busquets el 2006.

Periòdicament s'hi realitzen petites exposicions temporals per mostrar períodes històrics que no es recullen a l'exposició permanent, aspectes d'antropologia o les noves adquisicions o col.leccions que arriben al museu.